Haruhi Suzumiya è sempre stata considerata un personaggio piuttosto strano dai suoi compagni. Presentandosi alla classe, ad esempio, mette subito in chiaro di non voler avere a che fare con "semplici umani", ma solo con alieni, viaggiatori del tempo o esper. Tutti le stanno alla larga, ma Kyon, un suo compagno, le rivolge la parola incuriosito, e da quel giorno diventa la persona a lei più vicina, dando adito alle voci secondo cui ci sarebbe una relazione sentimentale tra i due. Haruhi finisce per abbandonare ogni club scolastico di cui entra a far parte, perciò Kyon le suggerisce di crearne uno tutto suo: nasce così la SOS Brigade, club che va a caccia di fenomeni paranormali. Ma dove trovare nuovi membri?