La storia ha inizio quando il popolare gioco online Yggdrasil viene inaspettatamente chiuso. Il protagonista Momonga, comunque, decide di non disconnettersi fino all'ultimo istante pensando che alla fine subirà un logout forzato. L'uscita dal gioco invece non avviene ed egli viene trasformato in un personaggio dall'aspetto di scheletro, diventando ''il mago più potente''.

Il mondo del gioco intorno a lui subisce profondi cambiamenti, tanto che anche gli NPC (i personaggi non controllati da giocatori) iniziano a provare sentimenti. Momonga, ormai privo di famiglia, amici e un posto nella società decide di combattere per prendere il controllo del gioco.