La simpatica Mikan vive in un paesino di campagna con il nonno. Un giorno la sua migliore amica, Hotaru, lascia la città per entrare nell'Alice Academy, scuola per ragazzi dotati di poteri sovrannaturali (detti "Alice"), e Mikan decide di recarsi a Tokyo per rivederla. Casualmente incontra un professore della scuola, Narumi, il quale, accorgendosi di un raro potere nascosto in lei (il potere di annullare gli Alice altrui), la iscrive all'accademia. Mikan può quindi incontrare l'amica Hotaru e inizierà a farsi strada nel divertente e insolito mondo dei superpoteri Alice!